La commune de Basse-Allaine se trouve dans le canton suisse du Jura, dans le district de Porrentruy dont la plus grande partie est appelée Ajoie. Elle résulte de la fusion dans la première décennie du XXIe siècle de 3 anciennes communes, Buix, Courtemaîche et Montignez.
La commune s’étend sur 23 km² qui se répartissent comme suit :
- Surfaces agricoles : 10.1 km²
- Forêts : 11.0 km²
- Habitat et infrastructure : 1.7 km²
- Surfaces improductives : 0.2 km²
Toute la commune est dans le bassin versant du Rhône, Buix et Courtemaîche étant traversés par l’Allaine, une rivière qui devient l’Allan en France après l’apport de la Bourbeuse et se jette enfin dans le Doubs.
